Sin el atractivo de su presencia en el plantel, la AFA perdió hasta 900 000 dólares por partido. Su ausencia significó una pérdida de unos 400 000 mil dólares para la AFA, ya que la Real Federación de Fútbol de Marruecos había estipulado por contrato un pago inferior si Messi no jugaba. Entre 1990 y 1995 jugó durante 5 temporadas en el filial de Segunda División B. No dio el salto al primer equipo hasta la temporada 1995-1996, de la mano del entrenador Salva Iriarte, en el que acabaría jugando poco, tan solo 5 partidos en Liga y 1 de Copa del Rey, saliendo siempre como sustituto, aunque llegó a marcar un gol al Albacete Balompié en Liga.
